Imaginemos que subes un logo en formato png en la pestaña Preferencias -> Temas y no te guarda la transparencia.
Fijaros que yo tengo un fondo negro en la cabecera, se supone que he subido una imagen con fondo transparente y vemos un fondo blanco sobre la imagen.
Ve a la pestaña Preferencias -> Imágenes y donde dice: Formato de imagen selecciona: Usar PNG si la imagen base está en formato PNG.
Después vuelve a subir el logotipo y revisa si te guarda la transparencia.
