Imaginemos que subes un logo en formato png en la pestaña Preferencias -> Temas y no te guarda la transparencia.
![](https://victor-rodenas.com/wp-content/uploads/2014/03/dpna-1-1024x226.png)
Fijaros que yo tengo un fondo negro en la cabecera, se supone que he subido una imagen con fondo transparente y vemos un fondo blanco sobre la imagen.
Ve a la pestaña Preferencias -> Imágenes y donde dice: Formato de imagen selecciona: Usar PNG si la imagen base está en formato PNG.
![](https://victor-rodenas.com/wp-content/uploads/2014/03/dpna.png)
Después vuelve a subir el logotipo y revisa si te guarda la transparencia.